La UMI Guapi-Iscuandé tiene un área de 2.485 km² y se localiza hacia el suroccidente del país en la costa Pacífica de los departamentos del Cauca y Nariño, entre los 2°26'36,7" y 3°4'40,08" latitud Norte y los 77°45'45,2" y 78°15'0.72" longitud Oeste, limitando al norte con el municipio de Timbiquí (Cauca) y al sur con el municipio del Charco (Nariño). Está surcada por varios ríos caudalosos como el Guapi, Iscuandé y Tapaje.